Pigeon Island se compose de deux îles; grande île aux pigeons et petite île aux pigeons. La grande île aux pigeons est bordée d’un récif de corail et mesure environ 200 m de long et 100 m de large. Son point culminant est à 44,8 m au-dessus du niveau moyen de la mer. La petite île aux pigeons est entourée d’îlots rocheux. Le parc national est situé dans la zone sèche du Sri Lanka. La faune des récifs coralliens de la grande île aux pigeons est dominée par Acropora spp. avec quelques Montipora spp. Les espèces de Faviidae, Mussidae et Poritidae dominent le récif corallien autour des îlots rocheux. Des zones avec des coraux mous tels que Sinularia, Lobophyton et Sarcophyton peuvent également être observées. Le récif de corail abrite de nombreux vertébrés et invertébrés. Beaucoup des 100 espèces de coraux et 300 poissons de récifs coralliens enregistrés autour de la zone de Trincomalee se trouvent dans le parc national. La tortue imbriquée, la tortue verte et la tortue olivâtre sont les tortues de mer en visite du récif de corail. L’île est un vivier important pour le pigeon commun.